Με βάση την υπ’ αρ. 11616/ΔΕ1137/16.03.2010 Υπουργική Απόφαση για το Σύστημα Διοίκησης και Διαχείρισης του Προγράμματος, υπογράφηκε προγραμματική σύμβαση μεταξύ του Υπουργείου Οικονομίας, Ανταγωνιστικότητας και Ναυτιλίας, της Περιφέρειας Κρήτης, των ΟΤΑ Α’ βαθμού της περιοχής παρέμβασης του προγράμματος, τριών Ανώνυμων Αναπτυξιακών Εταιρειών ΟΤΑ της Κρήτης και του ΟΑΔΥΚ για την υποστήριξη της υλοποίησης του Προγράμματος «ΚΡΗΤΗ – ΠΡΑΣΙΝΗ ΑΝΑΠΤΥΞΗ».
Σύμφωνα με την προαναφερόμενη σύμβαση η Αναπτυξιακή Ηρακλείου, ο ΟΑΔΥΚ, το ΑΚΟΜ-Μ Ψηλορείτης και η Αναπτυξιακή Λασιθίου, οι οποίοι αποτελούν και τους Φορείς Τεχνικής Στήριξης, θα αναλάβουν όχι μόνο την υποστήριξη της Τεχνικής Γραμματείας αλλά και των Φορέων Υλοποίησης του προγράμματος. Συντονιστής των Φορέων Τεχνικής Στήριξης είναι η Αναπτυξιακή Ηρακλείου ΑΑΕ ΟΤΑ.
Πιο συγκεκριμένα, οι Φορείς Τεχνικής Στήριξης θα βρίσκονται σε συνεχή συνεργασία με τους ΟΤΑ Α΄ βαθμού, που υλοποιούν έργα του προγράμματος, και θα τους υποστηρίζουν στο σχεδιασμό, στην υλοποίηση, στην παρακολούθηση και στον έλεγχο των έργων τους.